Duplication de bandes de gel organisées : sur quelques publications de Frédérique Vidal, ministre de l’ESR

Academia publie aujourd’hui avec l’accord de son auteur la traduction d’un article de Leonid Schneider, article rendu en français grâce aux efforts conjugués de Laura Sereni, Maël Pennegues et de Christelle Rabier. Paru au printemps 2018 puis mis à jour le 25 mai 2019, cet article porte sur les fraudes commises par Frédérique Vidal comme responsable de salle et première autrice, ainsi que par l’équipe de chercheurs qui a copublié avec elle. Ces articles sont parus dans les revues scientifiques les plus prestigieuses de la discipline : Journal of Cell Science ou Journal of Biological Chemistry. Seul le premier — Journal of Cell Science — informé de la suspicion de fraude a émis un avertissement, sans qu’il y ait rétraction.

https://www.flickr.com/photos/gotcredit/32913810274/in/photolist-S9tT6u-38SsiV-9CLH1-Hcn6Ep-77cmv-raXHLg-GG1Q7v-N4GyhF-Lorjg-GCGTa5-61tZf1-pFgSQD-pXGDdi-pFjeHW-pXwMTv-pXRi2f-pFmcoF-pFnTxQ-p1VSWJ-p1VSVS-pXHjkX-pXRhVo-pXxtag-p1VSV1-p1VSU9-SkW9ra-wgYpAp-DvbEtH-2gD2eTK-p9pa7T-pbHZ8-7JDRaV-7JHMhu-7JHLWQ-7JDQtz-7JHM8b-7JDQUc-5zVmk-Tm16ss-5wTQhM-pbHZ6-4xu8LF-sYakCi-kGj1uH-mEP55z-r8gAeF-r8qx8X-r68fSs-2j66rxg-7PgCWx

La fraude repose, selon l’article, sur des dispositifs élaborés. Pour étayer leurs résultats, les autrices et les auteurs ont réemployé des clichés, plus ou moins éclaircis par logiciel, comme preuves distinctes. Après avoir publié un premier article sur un cas de fraude dans un article publié 2001 dans le Journal of Cell Science, l’auteur a poursuivi son enquête à propos de deux nouveaux articles et établit la preuve du réemploi du même matériel pour illustrer des processus cellulaires différents, sans le préciser. On apprend par ailleurs, après investigation auprès de l’équipe, que les archives de laboratoire, sous la responsabilité de Frédérique Vidal, sont illisibles ou, dans le cas du carnet de laboratoire, ont carrément disparu !

« Lorsque les scientifiques commencent à faire passer d’anciennes données pour de nouvelles , écrit Schneider,et même à les mélanger subrepticement dans un collage pour générer de nouveaux résultats, la confiance est anéantie ».

À près de vingt ans d’écart, que peut-on dire de cette affaire ? Ces articles ont été publiés avant la mise en place de l’Agence nationale de la recherche, en 2004, soit bien avant que l’obtention de ces crédits aléatoires ne deviennent une nécessité pour conduire de la recherche empirique en biologie cellulaire. Sans doute la publication de ces articles dans des revues prestigieuses a contribué à soutenir la carrière de Frédérique Vidal promue professeure des universités deux ans plus tard, avant la belle carrière qu’on lui connaît — directrice d’UFR, présidente d’université, ministre.1 Il s’agit donc de continuer à capter des étudiant∙es, du prestige, de conserver le sentiment de rester dans la course de la compétition, avant même de gagner des trophées, sur la base desquels poursuivre son ascension. Les financements par « appels à projet » ne font que renforcer cette logique frauduleuse ; mais les enjeux d’une telle pratique sont d’abord des enjeux de valorisation sociale, d’acquisition de légitimité dans le domaine, et partant, dans leur gouvernance.

Au-delà des considérations pour le bénéfice individuel d’une chercheuse, les conséquences à la fraude ne sont pas mineures : publier de faux résultats engage non seulement leur auteur, mais l’ensemble de la communauté qui s’appuie sur ce travail. Qui plus est, il peut engager les confrères et consœurs sur de fausses pistes et leur faire ainsi perdre un temps (et des financements) précieux. Plus avant, la fraude contribue à l’idée que la seule voie efficace de recherche est la publication, et contribue donc à renforcer le système du Publish or Perish, notamment à limiter l’accès aux ressources des chercheur∙es doté∙es à l’éthique moins souple.2

Pouvons-nous conclure en rappelant à la Ministre que l’activité scientifique n’est pas uniquement de la production de connaissances, de plus ou moins bonne qualité, mais aussi un partage de valeurs ?

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Frédérique Vidal, Ministre de la Recherche et de la duplication de bandes de gel

La France est l’endroit où l’intégrité de la recherche trouve sa pleine manifestation, comme un clown dans un cirque. Dans d’autres pays, la fraude est une sale besogne manigancée dans les ruelles sombres du monde universitaire, mais en France, c’est un spectacle de première partie de soirée, qui requiert la participation de toutes les élites, pour jouer les victimes de la persécution, dénoncer les traîtres de la République, invoquer les nazis et le régime de Vichy et proférer des menaces de procès, le tout sur Internet et dans les journaux nationaux. Permettez-moi de résumer jusqu’à présent

  • Olivier Voinnet,, une star des sciences végétales, est passé du statut de faussaire paria à celui d’un Dreyfus, champion de l’intégrité de la recherche, qui a mis au jour, à lui seul, une énorme conspiration de fraude commise par son bras droit Patrice Dunoyer, dont les principaux résultats de la recherche, pourtant, n’ont pas changé.
  • Anne Peyroche, ancienne présidente du CNRS, a été reconnue coupable d’avoir publié des résultats de recherches frauduleux et risque d’être licenciée par le Commissariat à l’énergie atomique.
  • Catherine Jessus, jusqu’à récemment directrice de recherche en biologie au CNRS, a été défendue par toutes les élites françaises de l’Académie des sciences et du CNRS contre les calomnies malveillantes commises par des critiques anonymes, par Le Monde et par moi-même. In fne, il s’avère que le même type de manipulations de données peuvent être jugées frauduleuses dans les articles de Voinnet, mais parfaitement scientifiques dans les articles de Jessus.
  • Francis-Andre Wollmann, , qui a conduit les enquêtes contradictoires sur Voinnet et sur Jessus, membre de l’Académie des sciences et chevalier de la Légion d’honneur, a lui-même coécrit des articles avec des données manipulées.
  • Guido Kroemer, autre scientifique vedette français et artiste Photoshop, accueillait quant à lui dans son laboratoire parisien son collègue espagnol Carlos-Lopez-Otin, fugitif persécuté en raison de prix qui lui ont été retirés, du ridicule et de la mystérieuse disparition de souris. On ne sait pas si les amis de Opus Dei de Carlos sont venus lui rendre visite ou non, mais ils l’ont certainement aidé à revenir à Oviedo au début de mars 2019.

Frédérique Vidal, Ministre de la Recherche dans le gouvernement Macron actuel, est apparemment intervenue dans les enquêtes pour fraude à la fois dans les affaires Peyroche et Jessus. On s’explique mieux pourquoi Frédérique Vidal a tendance à prendre le parti des scientifiques malhonnêtes : elle a elle-même publié des données manipulées en tant que professeur d’université. Dans cet article, je présente un peu plus de matériau sur ce sujet, notamment à propos de deux nouveaux articles rédigés par Vidal. La ministre de la recherche, Frédérique Vidal, est une spécialiste de la génétique moléculaire du développement des cellules germinales. Elle a obtenu son doctorat à l’université de Nice, où elle a été élue maîtresse de conférences en 1995, puis professeure des universités en 2004. En 2009, Mme Vidal a été nommée à la tête du département des sciences de la vie et, en 2012, élue présidente de l’université de Nice. Vidal est restée à ce poste jusqu’à sa nomination comme ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation en 2017. Comme Wollman, elle est décorée du titre de chevalier de la Légion d’honneur.

J’ai déjà évoqué un gel dupliqué dans cet article de Vidal :

  1. Vidal, P. Lopez, L.A. Lopez-Fernandez, F. Ranc, J.C. Scimeca, F. Cuzin, M. Rassoulzadegan Gene trap analysis of germ cell signaling to Sertoli cells: NGF-TrkA mediated induction of Fra1 and Fos by post-meiotic germ cells [NDLR: Analyse du piège à gènes de la signalisation des cellules germinales aux cellules de Sertoli : Induction de Fra1 et de Fos par des cellules germinales post-méiotiques grâce au NGF-TrkA], Journal of Cell Science 2001 Jan;114(Pt 2):435-43.

Un∙e expert∙e a ensuite fourni des preuves supplémentaires de la manipulation des données sur PubPeer. Il s’est alors avéré que le gel présenté dans le même article n’avait pas été reproduit deux, mais trois fois. Le gel de gauche de la figure 7C est notamment le même que celui de droite, tout comme dans la figure 4A, mais il a artistiquement subi floutage et rotation. :

On a pu également souligner que la cinquième bande de gel de la figure 4A ressemblait bien trop à la première bande du même gel (et à ses deux autres incarnations). On peut ainsi expliquer Hoya camphorifolia :

Les résultats de la PCR pour l’EPRH sur la figure 7C (panneau de gauche) sont plus similaires aux quatre premières bandes des résultats de la figure 4A (légèrement défocalisées et pivotées de 2deg) que ce à quoi on pourrait s’attendre. Voir, par exemple, les agrandissements de la première) voie, en haut à droite.

Il est certainement vrai que les couloirs respectifs (et l’espacement entre eux) permettent aux deux bandes de se chevaucher et de s’annuler, lorsque l’un est inversé en noir et blanc et superposé à l’autre (en bas à gauche).

Mais cela ne doit pas nous faire oublier que la bande HPRT de la figure 4A ressemble aussi beaucoup à la bande droite de la figure 7C, sans flou ni rotation, comme le montre la superposition en bas à droite ».

Le Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation a réagi rapidement et sans pitié. Le mois même où mon article est paru, en octobre 2018, il a fait cette déclaration à la branche Enseignement supérieur et recherche News Tank :

« Des accusations ont été portées contre une publication scientifique publiée il y a 17 ans et cosignée par sept auteurs, dont l’actuelle ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation. Ces accusations inacceptables sont totalement infondées. Le but recherché par leur auteur est clair : déstabiliser la ministre. Face à ces accusations, la ministre étudie la possibilité d’engager des poursuites judiciaires », explique le service de presse de Vidal :

Je saluais de mes deux doigts le gouvernement de France3 ; mais il ne s’est rien passé ensuite. Jusqu’au moment où une lettre est arrivée dans ma boîte aux lettres. Pas un courriel, une vraie lettre, dans une enveloppe estampillée « France ». La missive non signée présentait des preuves de l’existence d’un plus grand nombre de de bandes de gel dupliquées dans les papiers de Vidal. Ceux-ci étant :

  • Pascal Lopez, Frédérique Vidal, Luc Martin, Luis A. Lopez-Fernandez, Jean-François Rual, Barry S. Rosen, François Cuzin, Minoo Rassoulzadegan
    Gene Control in Germinal Differentiation: Rnf6, a Transcription Regulatory Protein in the Mouse Sertoli Cell (Le contrôle des gènes dans la différenciation germinale : Rnf6, une protéine régulatrice de la transcription dans la cellule de Sertoli de la souris)
    Molecular and Cellular Biology(2002) DOI: 1128/MCB.22.10.3488-3496.2002
    Received November 19, 2001; Returned for modification January 7, 2002; Accepted January 25, 2002; Published online May 15, 2002.

Et

  • Pascal Lopez, Ruken Yaman, Luis A. Lopez-Fernandez, Frédérique Vidal, Daniel Puel, Philippe Clertant, François Cuzin et Minoo Rassoulzadegan
    A Novel Germ Line-specific Gene of the Phosducin-like Protein (PhLP) Family (Un nouveau gène spécifique à la lignée germinale de la famille des protéines de type phosducine (PhLP))
    Journal of Biological Chemistry (2002) doi : 10.1074/jbc.M207434200
    Reçu pour publication le 24 juillet 2002 et sous forme révisée le 28 octobre 2002. Publié le 6 novembre 2002

Voici, grosso modo, le problème, les bandes de gel dupliquées étant repérées par des encadrés de couleur :

Le Northern Blot est la méthode d’analyse de l’expression de l’ARN. Des extraits d’ARN provenant de cellules ou de tissus sont déposés sur un gel et transférés sur une membrane dite « de blot ». La membrane est ensuite placée dans un incubateur avec une sonde spécifique marquée radioactivement pour, dans ce cas, détecter aux ARN messagers individuels (ARNm). Les images en question montrent le contrôle de la charge pour l’ARNm Hss26, et celles-ci sont évidemment dupliquées entre les deux papiers. Dans les cas encadrés en rouge et bleu cependant, il faut noter que les échantillons sont les mêmes. Le papier MCB fournit cette légende, qui correspond également à la légende du papier JBC

« Analyse par blot de l’ARN total préparé à partir du cerveau (voie 1), du cœur (voie 2), du foie (voie 3), de l’intestin (voie 4), duNorthern poumon (voie 5), de la rate (voie 6), du testicule adulte (voie 7), du testicule d’une souris âgée de 10 jours (voie 8), testicule d’une souris de 20 jours (voie 9), testicule d’une souris de 25 jours (voie 10), testicule d’une souris de 30 jours (voie 11), testicule d’une souris de 2 mois (voie 12) et cellules de Sertoli fraîchement isolées de souris de 3 semaines (voie 13) ».

Dans les deux cas, les auteurs déclarent respectivement : « L’hybridation a été effectuée successivement avec des sondes pour les ADNc des protéines Rnf6 et S26 » et « L’hybridation a été effectuée successivement avec une sonde d’ADNc Mgcphlp complète et avec une sonde d’ADNc pour la protéine ribosomique S26 omniprésente ». Cela signifie que les images de Rnf6 et les signaux correspondants de l’ARNm Hss26 dans la MCB proviennent de la même membrane Northern blot, et il en va de même pour les signaux Mgcphlp et Hss26 dans la JBC.

Les auteurs et autrices pourraient être tenté·es d’expliquer qu’il s’agit de la même membrane Northern blot dans les deux articles, purifiées (stripped) avec des solutions chimiques pour enlever la sonde radioactive qui y était fixée ; cela ressemblerait à la défense que Lopez-Otin a utilisée pour son « Northern Blot pérenne (Perennial Northern Blot) ». Pour autant, ce serait une approche scientifique assez bizarre. Dans ces cas, les scientifiques préparent généralement de nouveaux gels et ne réutilisent pas les anciennes membranes, simplement parce qu’ils ne savent pas quel signal est correct et lequel pourrait être un résidu de la sonde appliquée précédemment. Ils ne savent pas à l’avance quelle sera l’intensité du signal d’une nouvelle sonde, alors que le processus de purification élimine non seulement l’ancienne sonde, mais aussi une partie de l’ARN transféré sur la membrane. En gros, la purification (stripping) est quelque chose qui ne se fait pas pour les nouvelles analyses exploratoires, et il faut probablement y voir la raison pour laquelle les deux documents ne déclarent ni l’un ni l’autre une réutilisation de la membrane de transfert.

Mais pourquoi alors la même charge contrôle ? Peut-être les auteurs ont-ils décidé de ne pas chercher une nouvelle charge contrôle lorsqu’ils ont répété le gel pour l’étude Mgcplp, en utilisant les mêmes échantillons dans le même ordre. Ce n’est pas vraiment une bonne pratique, car nous ne pouvons pas savoir dans quelle mesure les échantillons se sont bien conservés, sont entrés dans le gel et ont été transférés sur la membrane dans cette répétition d’expérience.

Un autre problème mis en évidence ci-dessus est l’espacement des voies de gel entre les voies 12 et 13 dans la figure 3A du MCB et les voies correspondantes dans la figure 3D du papier JBC. C’est important car les auteurs ont mis en évidence l’épaisseur d’une voie plus loin sur la même figure 3D dans JBC, avec une ligne de séparation verticale claire. La voici en gros plan :

Les auteurs savaient que l’espacement des gels devait être clairement indiqué, et ils l’ont fait dans ce cas précis. Mais dans d’autres cas, ils ont choisi de cacher l’espacement des gels aux pairs, aux lecteurs et aux lectrices, ce que j’indique ci-dessus par les flèches bleues. Et c’est là que nous arrivons à un cas de manipulation intentionnelle des données, mise en évidence en vert.

Les deux avant-dernières bandes du gel Hss26 de la figure 3D de JBC sont espacées, et on voit d’où elles proviennent : le gel Hss26 dans le papier MCB. Mais les échantillons ne sont pas les mêmes, selon la légende de la figure. La légende originale du MCB est la suivante : « Analyse par Northern blot de l’ARN total préparé à partir de fractions germinales purifiées (≥90% pure) par centrifugation d’élutriation. Fractions : […] 3 et 4, spermatides ronds ». Comparer à la légende du papier JBC pour ces bandes clonées : « eS, rS […], préparations élutriées pures à 80-90% de spermatides allongés, spermatides ronds ». D’où il ressort une méthodologie de préparation différente et des échantillons différents. La réutilisation ne peut être expliquée par maladresse ; ce qui est présenté dans la figure 3D JBC comme un gel continu est en fait un collage de 3 bandes de gel différentes qui montraient à l’origine autre chose que ce qui était décrit.

La piètre attitude consistant à n’indiquer la jointure du gel que lorsque l’on se sent en sécurité pour le faire, est à nouveau visible dans la figure 7B du document MCB :

Les autrices et auteurs ont déclaré : « La même membrane a été hybridée successivement avec des sondes pour les ARNm Rnf6 (en haut) et Hprt (en bas) », mais nous ne pouvons pas en être sûrs aujourd’hui. Lorsque les scientifiques commencent à faire passer d’anciennes données pour de nouvelles et même à les mélanger subrepticement dans un collage pour générer de nouveaux résultats, la confiance est anéantie. Il n’est peut-être pas anodin que l’un des auteurs soit un ministre de la recherche, dont la seule réaction jusqu’à présent a été de menacer de poursuites judiciaires ceux qui ont rapporté les preuves.

Nous savons maintenant pourquoi vous protégez tant Peyroche et Jessus, Professeur Vidal.

Mise à jour 25.05.2019.

Le 15 mai, est publiée une Expression of Concern (Déclaration de préoccupation) pour l’article Vidal et al 2001:

Journal of Cell Science a été alerté de la présence de taches HPRT en double sur les Fig. 4A et Fig. 7C de cet article. Les auteurs déclarent que les conclusions de l’article ne sont pas affectées par les taches de contrôle dupliquées, mais qu’ils n’ont pas pu retrouver les données originales d’il y a près de 20 ans. Sans les blocs complets originaux, le journal est incapable de déterminer si les résultats et les conclusions présentés dans l’article sont compromis.

La revue publie cette déclaration de préoccupation pour sensibiliser les lecteurs à ces questions. Les auteurs proposent des lignées cellulaires utilisées dans l’article pour être reproduites par toute enquêtrice intéressée et présentent leurs excuses aux lecteurs pour les inconvénients causés ».

Un autre article dans News Tank a suivi le 24 mai 2019.

Nous y apprenons que c’est Vidal qui est responsable du carnet de laboratoire original, désormais introuvable. Il semble qu’il y ait un CD-ROM dans les environs, mais il n’est pas lisible avec la technologie actuelle, selon sa dernière autrice Minoo Rassoulzadegan. Mais voici maintenant le coup de grâce, dans News Tank, la cible étant à nouveau votre serviteur :

« Frédérique Vidal « se réserve toujours le droit » d’intenter une action en justice. […] Frédérique Vidal, en tant que ministre, n’a pas jugé nécessaire d’engager des poursuites pour le moment. Toutefois, elle se réserve toujours le droit de le faire, si des accusations sont portées contre sa personne ».

Pauvres clowns. De toute façon, de quoi cela retourne, à l’Université de Nice Sophia Antipolis, de mettre en avant err… ou chère… cela compte-t-il comme une « accusation contre sa personne » ?

Isabelle Gillot, Cédric Matthews, Daniel Puel, Frédérique Vidal et Pascal Lopez
Ret Finger Protein : Une ligase ubiquitine E3 juxtaposée au corps XY dans la méiose
Int J Cell Biol. (2009) doi : 10.1155/2009/524858

On lit sur la légende de la figure : « Une bande non pertinente a été utilisée comme contrôle de chargement (partie inférieure) ». Pas vraiment en fait : un morceau de bande a apparemment été copié-collé et le contraste a été renforcé.

Mise à jour 5.06.2019.

Dans l’article du News Tank d’aujourd’hui (Actualité n° 148672), l’auteur principal Minoo Rassoulzadegan a tout expliqué. Voici quelques citations traduites de l’article, et veuillez également noter sa réponse sur une autre figure de l’épave du train sous Photoshop ci-dessous.

« Leonid Schneider affirme que les auteurs ont « choisi de cacher la jointure (splitting) entre les bandes de gel avec les résultats de leurs recherches dans certaines figures de ces articles. Selon Minoo Rassoulzadegan, cette sélection d’informations est « nécessaire » pour comprendre les résultats. « Les autoradios sont faciles à manipuler, mais pas les résultats biologiques», dit-elle.

On m’a traité de bien des noms, mais jamais mécanicien de radio. Concernant le contrôle de chargement réutilisé, Rassoulzadegan explique :

« Selon Minoo Rassoulzadegan, « c’est en effet le même filtre (membrane de nitrocellulose) qui a été utilisé plusieurs fois pour s’hybrider avec différentes sondes ». « Les deux gènes candidats sont issus d’expériences dites « gène-piège ». Nous avons identifié plus de 400 clones, puis nous les avons caractérisés en masse, nous avons effectué des analyses d’expression génique dans différents tissus, et pour cela les mêmes filtres ont été utilisés plusieurs fois et, je le répète, avec des sondes différentes.

Il est tout à fait normal que les contrôles de charge soient identiques pour les deux expériences. Il est courant d’utiliser la même membrane de nitrocellulose chargée de différents tissus pour différentes analyses, le même filtre peut être utilisé plus de dix fois. La recherche est coûteuse en termes de temps et de ressources et les chercheurs doivent éviter le gaspillage ».

Elle n’explique pas pourquoi les charge contrôle ont été réutilisés entre différents échantillons. Mais là encore, le professeur Rassoulzadegan est sur la bonne voie. Devinez comment elle a expliqué cela :

Lopez P, Yaman R, Lopez-Fernandez LA, Vidal F, Puel D, Clertant P, Cuzin F, Rassoulzadegan M, « A novel germ line-specific gene of the phosducin-like protein (PhLP) family. A meiotic function conserved from yeast to mice. », J Biol Chem, 2003, DOI:10.1074/jbc.M207434200.

Selon Minoo Rassoulzadegan,

« il est clair que dans la voie T (testicules), il y a beaucoup plus de signal que pour les échantillons dans les autres voies et il était nécessaire d’ajuster le signal, sinon nous n’aurions rien vu par exemple dans la voie Sp (sperme) ou les voies somatiques comme K (rein) ».

Jessus a éclaté en sanglots.

  1. Dans le cas de Vidal, nous mettons de côté la fraude comme façon de contrer un syndrome de l’imposteur, puisqu’elle est déjà à la tête d’une équipe. []
  2. Au cours du confinement, nous avons pu découvrir l’industrie de publication organisée par l’Institut hospitalo-universitaire de Didier Raoult et l’usage des SIGAPS, idéal-typique de la fraude érigée en industrie. []
  3. NDLT : Ce geste, fait la paume de main tournée vers son auteurs, avait une signification injurieuse dans nombreuses nations de l’Empire britannique jusqu’au moins 1900.Il signifie ici « Allez vous faire foutre ». []

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